Fond et fonds sont deux variantes, distinguées par le sens, du même mot latin fundus.

On écrit fond dans le sens de partie basse (au fond du pot), lointaine (au fond du jardin), profonde (un gouffre sans fond), fondamentale (le fond des choses et en cette période de réveillon le fond de sauce)…

On écrit fonds quand ce nom concerne le commerce (un fonds de commerce, un bien-fonds), la finance (un fonds de pension, à fonds perdu), la santé (vous avez un fonds de santé admirable (Molière)), des productions (le fonds d’un éditeur) ou des archives (le fonds d’une bibliothèque).

L’expression au tréfonds de soi doit être comprise au sens figuré, un tréfonds étant à l’origine, un sous-sol possédé comme un fonds, un bien.

L’origine de sur les fonts baptismaux est toute différente. Fonts est alors apparenté au mot fontaine et évoque le bassin au-dessus duquel on présente l’enfant.